Высшая водная растительность имеет небольшое распространение в Онежском озере. Ее заросли встречаются почти исключительно в северной части озера, в небольших заливах и других защищенных от волнения местах.
Общее протяжение зарослей составляет около 1 % длины береговой линии. Заросли состоят главным образом из тростника, нередко встречаются рдесты (Potamogeton perfoliatus, P. lucens, P. praelongus и др.), затем камыш, кувшинки и кубышки, элодея, хвощ, осоки и другие виды. Наиболее значительны заросли водной растительности в Климецко-Заонежском проливе, Великой губе, Уницкой губе, Чёлмужской губе, губах Святухе и Кефтень. Отдельные большие заросли, состоящие главным образом из тростника, встречаются и в некоторых других местах северной части озера.
Донная фауна довольно разнообразна в качественном отношении. В состав ее входят представители различных групп водных насекомых (хирономиды, ручейники, поденки, веснянки, жуки и др.), моллюски, ракообразные, водяные клещи, черви, мшанки, губки и др. В озере выявлено свыше 350 видов и форм донной фауны; из них около 30% имеют значительное распространение в озере, остальные встречаются реже. Более 80% общего числа видов и форм обитают в прибрежной области, в открытых частях озера менее 20%.
Наиболее богато и разнообразно население зарослевых участков затишной литорали, составляющее около половины видов и форм, известных для Онежского озера. Типичной для озера является каменистая прибойная литораль, населенная моллюсками (Limnaea ovata, L. palustris peregriformis, Planorbis gredleri), ручейниками, поденками (Heptagenia sp. sp.), веснянками, хирономидами и видами других групп бентоса. В песчаной прибойной литорали население сильно обеднено и обитает главным образом в ее нижней части (олигохеты, хирономиды, ракообразные). Глубинное положение нижней границы литорали сильно изменчиво по районам озера, часто не имеет отчетливо выраженного перехода к сублиторали, но в общем не превышает 10—12 м глубины. В сублиторали (не везде ясно выраженной) обитает ряд представителей литоральной фауны (моллюски, ручейники и др.), а также глубинной области (хирономиды, олигохеты, ракообразные — Mysis oculata var. rellcta, Pontoporeia affinis, Pallasea quadrispinosa и др.). Переход от сублиторали к глубинной области (профундали) большей частью плавный, различный по глубинному положению даже в пределах одного района. Граница глубинной области в общем совпадает с границей иловых отложений. Донная фауна глубинной области качественно обеднена, состоит главным образом из олигохет (Lamprodrilus isoporus, Peloscolex ferox, Stylodrilus heringianus, Tubifex tubifex и др.); понтопореи, хирономид (Orthocladius paratatricus и др-J, ракушек пизидиум (Pisidlum conventus) и нематод. Кроме того, здесь встречаются мизис, палласея, местами гаммаракантус (Gammaracantus lori-catus lacustris), реснитчатые черви (Plagiastonum lemani) и др. Население илов неглубоких районов озера (Толвуйское,, Пялемское, Кузарандское Онего и др.) несколько обогащено за счет обитающих здесь мелководных форм моллюсков (сфе-риум и пизидиум) и хирономид.
Средняя величина биомассы донной фауны Онежского озера в летне-осенний период 11,5 кг/га, средняя численность 5,72 млн. экз/га. Хотя показатели развития донной фауны Онежского озера вообще являются небольшими, но превышают соответствующие показатели для многих крупных водоемов Карелии и особенно по размерам валовой биомассы. Около 60% веса донного населения составляют олигохеты, понтопорея 20%, хи-рономиды 9,6%, пизидиум 4,3% и прочие группы 6,1% (брюхоногие моллюски, ручейники, поденки, палласея и др.)- Величина биомассы количественно неучтенных мизиса, гаммаракантуса и некоторых других групп не превышает нескольких кг/га. Наиболее значительного развития донная фауна достигает в неглубоких северо-восточных районах озера: в Толвуйском Онеге 17,1 кг/га, Пялемском Онеге 12,1 кг/га. Значительно беднее население Кондопожской губы — 6,6 кг/га, Петрозаводской губы — 8,4, Свирского Онега — 8,8 кг/га. В остальных районах величины биомассы колеблются в пределах от 9,6 до 12 кг/га. В распределении биомассы по глубинам и грунтам наблюдается возрастание ее с глубиной и от плотных грунтов к илам; при этом до глубин 40—50 м биомасса увеличивается главным образом за счет повышения удельного веса понтопореи, а в более глубоких местах — олигохет.
Из состава донной фауны озера особенно ценным кормом для рыб являются ракообразные, в том числе понтопорея. Запасы олигохет, хотя и большие в целом, очень слабо используются рыбами для питания.
Наиболее значительные скопления кормовых объектов, в частности понтопореи, находятся во впадинах и ямах с глубинами менее 40—50 м в Толвуйском, Пялемском, Куза-рандском и Малом Онеге, где понтопорея составляет 28—38% общей биомассы при повышенном содержании моллюсков, хирономид, ручейников, поденок и др. Скопления понтопореи, а также других кормовых объектов наблюдаются в отдельных местах остальных районов озера (Андомская яма, Великая губа и др.). Ценным и легко доступным кормом для рыб является население области подводных склонов, луд и сельг, состоящее из представителей глубинного и литорального комплексов фауны. В глубоких холодноводных частях озера (глубже 40—50 м) скопления олигохет рыбами не используются. Недостаточно потребляются рыбами, в частности сигами, запасы понтопореи в Толвуйском и Пялемском Онеге, а также запасы мизид, обитающих не только у дна, но и в толще воды.
Зоопланктон. Рачковый планктон Онежского озера отличается довольно значительным видовым разнообразием своего состава. Всего в озере найдено 37 форм низших раков, из них на долю кладоцер приходится 25 форм, на долю цикло-пид 7 и каланид 5 форм. Преобладают в планктоне формы, широко распространенные в водоемах республики, как например, голопедиум, дафния (Daphnia cristata), босмины (Bosmina obtusirostris lacustris), мезоциклопсы (Mesocyclops leuckarti и М. (Th.) oithonoides), диаптомус (Dlaptomus gracilis). В открытых участках озера, кроме того, повсеместно встречаются эвритемора (Eurytemora lacustris), циклопе (Cyclops lacustris).
Все перечисленные формы характерны для горизонта 0—10 м. .Глубже 10 м основной комплекс рачков складывается из бос-мины (В. obtusirostris lacustris), лимнокалянуса (Limnocalanus macrurus), а в некоторых участках к ним присоединяется циклопе (С. lacustris).
Лишь в неглубоких и хорошо прогреваемых губах (Великая, Чёлмужская, Заонежский пролив) состав доминирующих рачков несколько меняется. Здесь основную массу рачкового планктона составляют лимносида, дафния (Daphnia hyalina galeata), хидорус, диаптомус (Diaptomus graciloides), гетерокопе (Heterocope appendiculata), босмины (Bosmina mixta и В. crassi-cornis), лептодора.
Крупные рачки, как лептодора и битотрефес, встречаются не только в губах (Bythotrephes longimanus), но и в Свирском и Пялемском Онеге (Bythotrephes cederstroemi).
Прибрежные мелководья в Онежском озере характеризуются сравнительно небольшим развитием фауны планктонных рачков. Здесь их численность и биомасса колеблются летом в пределах от 1,0 до 18,0 тыс. экз/ж3 И 0,02—0,282 г\мъ. Встречаются обычные литоральные формы: сида, цериодафния, босмины (Bosmina longirostris, В. obtusirostris obtusirostris), алонопсис, акропер алона (Alona affinis) и другие хидориды, затем полифемус, офриоксус, эвциклопс (Eucyclops macrurus); также здесь обитают формы, характерные для пелагиали, как голопедиум, дафния (D. cristata), босмина (В. obtusirostris lacustris), мезоциклопс (М. leuckarti) и диаптомусы (D. graciloides u D. gracilis). С 3—5-метровой глубины начинает формироваться комплекс рачкового планктона, свойственный открытым участкам озера (пелагиали).
Наивысшего количественного развития рачковый планктон достигает летом в поверхностном слое воды. В среднем для всего озера в слое 0 — 2 м численность рачков приближенно равна 18,0 тыс. экз\м3, биомасса 0,476 г/м3. Преобладающее положение по биомассе занимают кладоцеры, удельный вес которых в отдельных районах озера колеблется от 42 до 71%, второе место занимают каланиды — от 13 до 28% (в Чёлмужской губе), циклопиды — от 4 до 20% (в Чёлмужской губе 46%), личиночные и копеподитные стадии копепод — от 3 до 19%.
По обилию рачков и их биомассе в горизонте 0—2 м Онежское озеро относится к среднепродуктивным водоемам республики. Но отдельные участки и районы озера неравноценны по кормовым ресурсам для планктоноядных рыб. Наиболее развит рачковый планктон в сравнительно неглубоких, хорошо прогреваемых участках.
В кормовом отношении состав рачкового планктона озера имеет ряд ценных качеств: в планктоне преобладают кладоцеры, основную массу которых составляют ценные пищевые компоненты, такие как голопедиум, босмины, а в некоторых районах к ним присоединяются лептодоры, битотрефес или же они заменяются не менее ценными компонентами, например, лимносида и дафния (Daphnia galeata); немалое количественное развитие имеют и каланиды — диаптомус, евритемора, а в евтрофированных участках —гетерокопе.
В глубинных слоях воды рыбы более всего питаются лимнокалянусом, количество которого глубже 20—30 м достигает нескольких сот экземпляров в 1 м3, а в придонных слоях до 1,0 тыс. экз/м3.
