Рельеф дна озер обычно повторяет рельеф окружающей их местности, часто характеризующейся наличием гряд, чередующихся с понижениями. Поэтому профиль дна многих озер отличается пересеченностью и большой сложностью.
Многочисленные подводные гряды-сельги и отдельные повышения дна (луды) свойственны многим большим и малым озерам Карелии. Сельги и луды с каменистыми и песчано-каменистыми грунтами служат местом, куда рыбы подходят для икрометания, в особенности палия, сиги и ряпушка. Около них наблюдаются и скопления рыб во время нагула.
Глубины карельских озер очень разнообразны. Наиболее глубоководны большие озера с котловинами тектонического происхождения. К ним относятся Ладожское озеро (наибольшая глубина 230 м), Онежское (120 м), Сегозеро (97 м), Топозеро (56 м), Янисъйрви (57 м) и др. Однако для некоторых крупных озер характерны и сравнительно небольшие глубины. Так, например, Керетьозеро (245 км2) имеет наибольшую глубину 26 м, Сямозеро (266 км2) 24,5 м, Выгозеро (1159 км2) 18 м, Водлозеро (334 км2) 16,3 м. Эти сравнительно мелководные озера отличаются от сходных с ними по площади глубоких озер и другим составом рыб. В них, например, широко распространены теплолюбивые карповые рыбы (плотва, во многих озерах лещ).
Наибольшие глубины описываемых в этой книге промысловых озер колеблются от 2 до 97 м (без Ладожского и Онежского озер). Средняя максимальная глубина их составляет 21,3 м. Средние глубины, вычисленные на основании многочисленных промеров в каждом озере, колеблются в пределах от 1 до 23 м, а среднее из средних глубин составляет 6,4 м.
Разнообразны озера Карелии также по составу грунтов и характеру их распространения.
Большую часть дна озер покрывают илистые грунты. В глубоких крупных и средних озерах Карелии они представлены обычно мягкими илами серого, серо-зеленого и оливкового цветов. Иногда эти илы содержат до 90% минеральных частиц, чем сильно отличаются от илов озер Русской равнины, в которых содержание органических веществ значительно больше. Благодаря этой особенности илов карельских, озер и низким температурам на глубинах процессы гниения в илах незначительны. На илистых грунтах, при значительных глубинах (до 30 м), в некоторых озерах Карелии нормально развивается икра ряпушки — явление, неизвестное для озер других областей.
Во многих озерах, в частности многочисленных лесных озерах-ламбах, илы имеют большую примесь мелкого или грубого детрита, то есть грунта, состоящего из растительных остатков.
Илистые грунты распространены преимущественно в профундали озер и частично в литоральной зоне. Они покрывают до 60—80% площади дна озер.
В прибрежной литоральной зоне грунты иные. Они образуются в основном вследствие разрушения берегов. Большое распространение в прибрежной зоне имеют каменистые, каменисто-песчаные, галечные, песчано-галечные и песчаные грунты. Они занимают до 10—20% площади дна. В прибрежной зоне также, как и в профундальной, встречаются глинистые грунты, а также наслоения из растительных остатков и торфа (детрит).
На границе между твердыми грунтами литорали и илами профундали залегают переходные песчано-илистые грунты. -1 Значительно распространены в некоторых озерах Карелии юзерные руды. В зависимости от структурного строения железистые грунты приобретают вид тонкоземлистой охры с примесью мелкого песка или крупнозернистых образований. Встречаются и плотные округлые сростки озерной руды диаметром около 0,5 см (гороховидная руда) и более крупные весом 500 г. Нередко в илах железистые образования имеют вид плотной рудной корки толщиной 0,5—0,8 см, ломающейся на тонкие плитки.
Железистые грунты встречены в донных отложениях более чем пятидесяти описываемых здесь водоемов. В некоторых озерах они покрывают значительную площадь дна — в Сямозере до 22%, в Ондозере 29%, в Шотозере более 40%, а в Нижнем и Верхнем Куйто 60—70%. Площадь других грунтов, особенно чистоилистых, в таких озерах сильно сокращается. Судя по результатам исследования озер Куйто, на плотной рудной корке со слабым слоем наилка сверху численность и биомасса бентоса мала,
Помимо отмеченной уже особенности грунтов некоторых озер Карелии — малого содержания в илах органических веществ, многие наши водоемы отличаются от озер более южных областей значительным развитием твердых — каменистых, галечных и песчаных грунтов, необходимых для размножения сигов, палии, форели и других лососевых рыб.