Многие, особенно крупные и средние озера, характеризуются сильно развитой береговой линией и большим расчленением.
В этом отношении выделяются Керетьозеро, Выгозеро, Топозеро, Пяозеро. Керетьозеро настолько расчленено, что местное население дает отдельным его плесам наименования самостоятельных водоемов. В некоторых озерах отдельные их части очень различаются между собой условиями для обитания водных организмов, что ведет к образованию в обособленных плесах и заливах таких озер небольших местных (локальных) стад промысловых рыб, например, ряпушек, сигов, окуня и др. Многие озера имеют сотни островов: на Выгозере их насчитывается более 500, на Тикшезере около 350, на Водлозере до 200, на Керетьозере свыше 140, на Кончезере более 100.
Берега чаще встречаются невысокие, каменисто-валунные и песчаные. Но встречаются и скалистые, обрывистые берега. Высота береговых скал местами достигает нескольких десятков метров. Так как в Карелии широко распространены болотные массивы, то и болотистые, топкие берега встречаются на многих больших, средних и особенно малых озерах. Есть и озера, постепенно покрывающиеся с берегов сплавинами — сплошными коврами из растительности. Но к ним относятся преимущественно небольшие, заболоченные водоемы.
