Вода карельских озер весьма разнообразна как по цвету, так и по степени прозрачности и температуре.
Летом, в июле-августе, прозрачность воды разных озер колеблется от 0,4 до 9 м.
Самую низкую прозрачность имеют чаще всего те озера, вода которых окрашена болотным гумусом (продуктами. _ распада растительных веществ) в темно-желтые и коричневые тона. Основную массу таких озер представляют лесные ламбы, но встречается немало и сравнительно крупных озер с темной водой. К ним, например, относятся Салонъярви (46,1 км2, прозрачность 0,8 м, цвет воды интенсивно коричневый), Суоярви (58 км2, прозрачность 0,8—1,5 м, цвет воды темно-коричневый), Ведлозеро (58,22 км2, прозрачность 1,4—2 м, цвет воды светло-коричневый) и другие озера.
Но немало есть водоемов и с очень прозрачной водой зеленоватых и голубых оттенков. Эти озера более или менее свободны от притока в них болотных вод. Самую прозрачную воду—до 9 м — имеет Урозеро (13,4 км2, вода синевато-зеленоватого цвета). Высокую прозрачность имеет вода Ладмозера (24 км2, прозрачность 8 м, цвет воды голубовато-зеленый), Чужмозера (5,55км2, прозрачность 6—7м, вода голубовато-зеленого цвета). В крупных озерах отдельные участки имеют неодинаковую прозрачность воды. Например, в Онежском, озере она колеблется от 2,5 м (Чёлмужская губа, цвет воды желто-бурый) до 7—8 м (Большое Онего и губа Чорга, вода светло-желтого цвета).
В небольших высококормных озерах вода имеет сравнительно низкие показатели прозрачности, нередко в связи с интенсивным развитием планктона. Так, в Миккельском озере прозрачность летом составляет 0,4—0,5 м, в Крошнозере 0,6 — 1 м, в Святозере 2 — 2,3 м, а зимой эти показатели повышаются в полтора-два раза.
Температурный режим карельских озер складывается при следующих климатических особенностях края. Климат Карелии отличается сравнительно коротким, прохладным летом и довольно значительной облачностью в течение всего года. Северная и южная части республики различаются по климатическим особенностям. Лето на севере республики длится около 2, на юге около 2,5 месяцев. Средняя месячная температура воздуха в июле на севере 14,6°, на юге 16,2°. Дни со средними температурами воздуха ниже 0° на севере Карелии наступают на месяц раньше, чем на юге республики. Озера на севере замерзают примерно на полмесяца раньше, а вскрываются на 2—3 недели позднее, чем в южной Карелии.
Самый холодный месяц — февраль. В первой половине ноября обычно устанавливается зима.
Особенность глубоких карельских озер — низкие температуры их воды в придонных слоях в течение всего года. Это свойственно не только Ладожскому и Онежскому озерам, но и сравнительно небольшим озерам с глубинами 20—25 м, а иногда озерам и с меньшими глубинами, если эти водоемы, вследствие малых размеров площади, по условиям местности и другим причинам не подвержены воздействию ветров, перемешивающих водные массы. Для таких озер характерна также стратификация температур, то есть послойное их распределение, особенно хорошо выраженное в летнее время. В нижних глубоких слоях воды этих озер — в гиполимнионе — летом сохраняются температуры около 7—10° и ниже. Средние слои — металимнион — имеют в то же время температуру примерно от 12—15° до 16—17°, а верхние — эпилимнион — прогреваются до 19—23° и выше.
В мелководных озерах стратификации температур не наблюдается — вода в них прогревается до дна, как например, в Лижмозере и Святозере. В этих озерах разница между поверхностными и придонными температурами в летнее время не превышает 2—3°, а иногда и совсем не наблюдается, и лишь в ограниченных участках таких озер, если они имеют холодные подводные ключи, сохраняются довольно низкие температуры. К хорошо прогреваемым водоемам относятся и некоторые крупные озера Карелии, имеющие незначительные глубины (Водлозеро, Выгозеро, Ондозеро, Керетьозеро и др.).
В июле-августе в малых и средних озерах и мелководных заливах больших озер поверхностная температура воды может достигать 24—25°. В открытых участках больших озер северной Карелии (Топозеро, Пяозеро) верхние слои воды прогреваются до 16—18°, в Онежском озере до 18—20°. Резкое похолодание воды обычно начинается в конце августа — начале сентября.
Климатические особенности края создают в озерах Карелии сравнительно укороченный вегетационный период, но все же и при этом некоторые рыбы из отдельных озер по темпу своего роста не уступают рыбам из более южных областей.
