Озеро Шайдомское расположено в 6 км к СВ от оз. Лижмозера. Географические координаты центра озера: 62°43' с. ш., 34°11' в. д. Принадлежит к бассейну р. Лижмы, впадающей в губу Чоргу Онежского озера.
Площадь водной поверхности 10,24 км2, общая площадь (с островами) 10,4 км2. Наибольшая длина 5,8 км, наибольшая ширина 4,0 км. Имеется 2 острова площадью 0,16 км2. Длина береговой линии 20 км, с островами 21 км. Высота над уровнем моря 74 м.
Озеро имеет лопастную форму, направление большой оси с севера на юг. Расположено в низине. Берега отлогие, каменистые, песчаные. В северную часть озера впадают два небольших притока. Из озера вытекает в Лижмозеро р. Шайдомка. Средняя глубина 4,9 м, наибольшая глубина 13,7 м. На глубины 0,4 м приходится около 62% площади дна, на глубины 4— Юм—до 38% и на глубины свыше 10 м — около 1%.
Дно довольно ровное. В озере встречаются илистые, песчаные и каменистые грунты.
Ихтиофауна озера: ряпушка, сиг, щука, плотва, налим и окунь. Сиг и ряпушка малочисленны. Ряпушка обладает довольно быстрым ростом.
