Озеро Яндомозеро расположено в южной части Заонежского полуострова, принадлежит к бассейну Онежского озера. Географические координаты центра озера: 62°15' с. ш., 35°11' в. д.
Площадь водной поверхности озера 30,1 км2, с островами 30,3 км2. Наибольшая длина 10,9 км, наибольшая ширина — 4,3 км. Семь островов, их площадь 0,2 км2. Длина береговой линии 44,4 км, с островами 45,4 км. Высота над уровнем моря 42,2 м.
Озеро подковообразной формы, вытянуто с ССЗ на ЮЮВ, мелководно. Средняя глубина 4,1 м, наибольшая 8 м. Зона озера глубинами от 0 до 4 м составляет 79% площади озера, от 4 до 10 м — 20,1% .
В озере обитает б видов рыб: щука, плотва, лещ, налим, окунь и ерш. Озеро запущено, может быть хорошим лещовым водоемом. Яндомозеро пользовалось известностью как водоем, богатый раками.