В границах РК встречаются три экологические группы рыб: морские, периодически заходящие в устьевые участки рек (беломорская сельдь, навага, камбала и др.), проходные, мигрирующие в речные системы для размножения (семга, минога, кумжа, беломорская корюшка, ледовитоморской сиг), местные, постоянно обитающие в озерах и реках.
Ихтиофауна Карелии в целом насчитывает 128 видов рыб и круглоротых, относящихся к 24 семействам. Промысловое значение имеют 28-30 видов. Современная ихтиофауна пресноводных водоемов, включая акклиматизированных рыб, представлена 60 видами, которые вместе с разновидностями составляют 115 форм, объединенных в 16 семейств. Более половины из них представлены ценными видами: лосось, форель, кумжа, сиг, ряпушка и др. Менее многочисленны карповые, затем следуют окуневые, ко-рюшковые, осетровые и др. Широко распространены в РК окунь, щука, плотва, налим, ерш, встречающиеся в 60-96% озер. В очень многих водоемах водятся ряпушка (41,5%) и сиг (36,6%). Почти такое же распределение имеет лещ. Лосось, семга, хариус встречаются в 12% озер. Форель встречается реже, а налим известен в 18 озерах.
В результате акклиматизации в настоящее время список рыб в водоемах Карелии пополнился новыми видами: пелядью, карпом, омулем, сигом-муксуном, радужной форелью. Продуктивность внутренних водоемов Карелии крайне низка и не превышает 2 кг/га в год.
В Белом море встречаются 8 видов промысловых рыб: сельдь, навага, корюшка, треска, камбала (речная, полярная, ершоватка), семга, сиг, форель. Основой беломорского рыбного промысла являются сельдь и навага, составляющие до 90% вылавливаемой в море рыбы. Большое значение в промысле на Белом море имеют водоросли, мидии и пр. С целью сохранения видового разнообразия 28 видов рыб включены в Красную книгу РК, среди них стерлядь, атлантический осетр, горбуша, пресноводный лосось, некоторые формы сигов, жерех, красноперка, линь, чехонь, сом, подкаменщик пестроногий и др.
Потенциальное промысловое значение имеют морские млекопитающие: белуха, нерпа, морской заяц. Из нерыбных объектов хозяйственное значение имеют водоросли: фукусы, анфельция, ламинария.
Промысловое рыболовство ведется в Белом море, Онежском и Ладожском и других крупных озерах. На многих малых и средних озерах республики регулярного промысла рыбы нет. Здесь ведется эпизодический лов местным населением для личного потребления, а также любительское рыболовство.
Помимо промысла в море и озерах в Карелии в последнее десятилетие интенсивно развивается такое направление товарного рыбоводства, как выращивание радужной форели в садках. В РК создано несколько десятков садковых хозяйств, объемы выращивания форели в которых превысили 3 тыс. т в год. Успешно ведется работа по воспроизводству ценных видов рыб.
