Различают озера проточные, вода которых имеет сток в реку, и глухие — воды последних всасываются в окрестные болота.
Все более значительные озера К-Ф ССР проточны, и к глухим относятся преимущественно мелкие лесные ламбы.
Между озерами и реками в Карелии существует тесная связь: почти каждая из рек на своем пути протекает через многие озера. Так, река Шуя до впадения в Онежское озеро протекает через большие озера — Соддерозеро, Сямозеро и несколько более мелких; р. Суна более половины своего течения проходит по озерам. Это обеспечивает для рек К-Ф ССР равномерный в течение года сток воды, без того летнего обмеления, которое так вредит рекам Русской равнины. Благодаря, естественным водохранилищам,, какими являются озера, реки Карелии могут быть с успехом использованы для строительства больших и малых гидростанций. Впадение рек м их выход из озера создают местами течение воды в озере. Так, в Среднем Куйто наблюдается постоянное движение воды с запада на восток по течению р. Кеми. Но, вообще говоря, постоянных течений в наших озерах мало; чаще всего они связаны с ветром и носят переменный характер.
Наличие притоков в озере имеет немаловажное значение для тех рыб, которые, как налим, корюшка, мечут икру в устьях рек или, как лососи, кумжа, проходные сиги, поднимаются для этой цели вверх по рекам иногда на большое расстояние.
Все озера К-Ф ССР по своему стоку разделяются на два больших бассейна: Беломорский и Балтийский. Озера северо-восточных районов (Кестенгского, Тунгудского, Ло-ухского, Кемского, Ругозерского, Сегозерского, Беломорского и части Медвежьегорского) имеют сток в Белое море. Большая часть этих озер принадлежит к системам рек Ковды, Кеми, Выга, Сумы.
Озера остальных районов республики через реки связаны с Онежским озером (районы Пудожский, южная часть Медвежьегорского, Заонежский, Кондопожский, Прионежский, Петровский, Пряжинский и Шелтозерский) или с Ладожским озером (Ребольский, Реалозерский, Олонецкий и все юго-западные районы республики). Так как Онежское озеро через реку Свирь- стекает в Ладогу, а последняя через Неву в Финский залив, то #се эти озера относятся к бассейну Балтийского моря.
С разделением озер К-Ф ССР на Беломорский и Балтийский бассейны связано распределение некоторых видов рыб. Судак встречается только в озерах Балтийского бассейна, различаются породы сигов в бассейне Белого и Балтийского морей.
