Вода озер прогревается лучами солнца, поэтому верхние слои ее всего теплее в летнее время. С середины июля и до конца сентября поверхностная температура воды достигает 19-23 градусов.
В более мелких местах озера, особенно у берегов, вода летом прогревается до самого дна, но в более глубоких частях профундали даже к концу лета наблюдаются низкие температуры: в Онежском озере 5—6°, а в Ладожском и еще ниже.
Понижение температуры идет постепенно, чем глубже — тем холоднее вода.
Например, в Сегозере, З июля 1933 г. измерение темпера_ воды показало:
на поверхности озера - 11,4°
на глубине 10 м - 7,2°
на глубине 20 м - 5,4°
на глубине 40 м - 4,6°.
и у дна 80 м - 4,3°.
С осени начинается общее похолодание воды. Постепенно усиливаясь, оно приводит к замерзанию озера.
Ледостав на озерах на севере республики начинается с середины октября; озера средней Карелии замерзают з октябре — ноябре, а в более южных районах — даже в декабре. На Онежском озере у Повенца лед устанавливается в среднем около 23 ноября, у Петрозаводска —13 декабря.
Сначала лед появляется в заливах (губах), затем в прибрежной части открытых плесов, и позднее всего замерзает центральная часть больших озер.
Толщина льда достигает обычно 60 — 80 см, но осенние бури на больших озерах нагромождают льдины друг на друга, образуя торосы; на Ладожском озере они бывают до 5 — 8 м высоты,
Ледовый период длится на севере до конца май — первых чисел июня. На юге вскрытие озер приходится на апрель — май. Сямозеро в Пряжинском районе вскрывается в конце апреля, а Топозеро в Кестенгском — только в первой декаде июня.
Зимою в озере наблюдается обратное по сравнению с летним расположение температур воды. У самой поверхности подо льдом + 1, +2°, ко дну температура несколько повышается до + 3, +4°.
Таким образом, в то время как в верхних слоях озера и в прибрежной его области наблюдаются большие изменения температуры — от 20-ти и более градусов летом до до + 1,+2 градусов зимою, на глубинах придонные слои весь год и летом и зимой имеют ровную, низкую температуру воды — 4-6 градусов.
Это очень благоприятствует тем видам рыб (палия, некоторые сиги), которые избегают сильного прогревания воды; в жаркий период они укрываются в глубоких слоях озера. В береговой зоне температура воды зависит еще и от ветра.
Береговые, сгонные ветры летом относят на середину озера массы прогретой прибрежной воды, на смену ей из глубины подступает к берегу холодная вода. При сгонных ветрах температура воды у берега понижается, и ряпушка и сиги, которые летом держатся вдали от мелководья, подходят ближе к берегам.
Наоборот, ветры нагонные с озера создают в прибрежной области накопление теплой воды. Ряпушка в это время отходит на глубину, зато у самого берега появляются в Ладожском озере лещ, язь, плотва — теплолюбивые рыбы.