Котловины многих карельских озер возникли в результате образования глубоких тектонических трещин и сбросов в первичных породах земной коры.
Формирование котловин завершалось деятельностью ледника: при его движении тектонические трещины сглаживались. Их очертания изменялись также нагромождениями песка и камня, которые приносились ледником.
Соответственно направлению, заданному тектоникой, и движению ледника, котловины очень многих карельских озер имеют удлиненную форму, в большинстве случаев вытянутую с северо-запада на юго-восток, или с запада на восток. Озера с котловинами тектонического происхождения отличаются значительными глубинами. К ним относятся крупнейшие водоемы Карелии: Ладожское, Онежское, Топозеро, Пяозеро и много других больших, средних и малых озер.
Многие озера образовались в понижениях, выпаханных самим ледником, в углублениях подледниковых потоков. Это озера преимущественно со средними и небольшими глубинами.
Есть и запрудно-речные озера, которые появились в результате преграждения речных долин ледниковыми наносами (озера Гимольское, Ондозеро и др.).
Озера Карелии относятся к бассейнам двух морей: Белого и Балтийского. Водораздел между бассейнами этих морей в пределах республики начинается севернее Западно-Карельской возвышенности у озера Ровкульского. Далее он проходит южнее озер Селецкого и Сегозера, пересекает район между озерами Онежским и Выгозером и затем продолжается на юго-восток в сторону Пудожского района. Высота водораздела 150-200 м.
В межледниковые и ранний послеледниковый периоды полного разобщения между водоемами Балтийского и Беломорского бассейнов не было. Об этом свидетельствует наличие в ряде озер бассейна Белого моря ряпушки, сигов и корюшки, относящихся к формам, свойственным водоемам бассейна Балтийского моря, в частности бассейну Ботнического залива. С другой стороны, в озерах бассейна Балтийского моря встречаются рыбы-переселенцы из бассейнов Белого моря и Ледовитого океана, например, ряпушка сибирского происхождения в Водлозере.
Большая часть озер Беломорского бассейна принадлежит к системам рек Ковды, Керети, Кеми, Выга (с Ондой и Сегежей) и Сумы. Основными реками, связывающими между собой озера бассейна Балтийского моря, являются притоки Онежского озера Водла, Шуя, Суна, Лижма и другие, а из рек, впадающих в Ладожское озеро,— Свирь, Олонка, Видлица, Тулема, Ууксунъёки (Уукса), Янисъёки, Хитола и др.
Наибольшее количество озер сосредоточено в северной части Карелии между 66 и 64° с. ш., то есть в бассейне Белого моря. К югу и юго-востоку число их постепенно убывает. Меньше всего озер находится в юго-западных районах республики и восточнее Онежского озера.
Преобладают в Карелии небольшие озера, площадью менее 1 км2. Таких водоемов, как видно из карты озер и рек Карелии, более 40 тыс., или 97,5% всех учтенных озер в республике. На самом деле число маленьких озер еще больше, так как с достаточной точностью учтены пока те из них, которые имеют площадь водного зеркала не менее 0,1 км2 (10 га).
Общая водная площадь озер размерами от 1 км2 и более составит 28,9 тыс. км2. Озера величиной от 0,1 до 1 км2 занимают приблизительно 10 тыс. км2 (Смирнов, 1954). Таким образом, вся водная площадь учтенных озер достигает округленно 40 тыс. км2, или 4 млн. га, причем более 50% составляют площади 36 крупных озер — от 50 км2 и выше — и около 20% —озера размером от 1 до 50 км2.
