Большая часть дна озер обычно покрыта тонким вязким илом серовато-зеленого цвета. Ил этот образуется из мелких частиц, приносимых реками и медленно оседающих на дно; встречаются в нем и остатки мельчайших водорослей и животных, которые живут в пелагической (открытой) области озера.
Ближе к берегам и на меньших глубинах ил переходит з песчанистый и каменистый грунт.
На дне многих озер Карелии содержатся железистые соединения, которые окрашивают грунт в ржаво-коричневый цвет. Иногда железной руды так много, что она покрывает большие участки дна мелкими шариками - “гороховидная руда", или образует на дне тонкую, черно-бурую корку толщиной 4—5 мм, прикрывающую ил.
В прежнее время местные жители простыми черпаками с плотов добывали руду из озер, плавили ее в кузнях для выделки кос, лопат и других крестьянских орудий.
Петр Первый во время войны со шведами построил в Кончезере в 1707 г. завод для выплавки металла из озерной руды, которую свозили сюда из разных мест. Кончезерский завод проработал не более полувека, сейчас только старые стены его да кучи шлака на берегу озера напоминают о заводе.
Развитие на дне озер железистой корки вредно для донных животных, и в этих местах рыба находит меньше пищи. Озера со значительным развитием рудных отложений, как Нижнее Куйто в районе Калевалы, Пялозеро, Викшезеро в Заонежьи, отличаются низкой рыбностью.
Под слоем серо-зеленых или коричневых илов лежит обычно светло-серая плотная глина; ее комья часто обнаруживаются на лапах якоря или на острие мережных кольев.
