Крупные, средние и большинство малых озер (от 1 км2) проточные или имеют сток. Проточность озер Карелии — весьма благоприятный фактор для обитающих в них рыб и других водных организмов.
В таких озерах богаче жизнь, разнообразнее состав рыб. В них обычно не бывает заморов, которые могут быть в глухих озерах зимой вследствие недостатка в воде кислорода.
Количество непроточных озер в Карелии также значительно: из более чем 40 тыс. озер с площадью менее 1 км2 около 31 тыс. являются бессточными (Григорьев, 1947). Это преимущественно озера-ламбы, расположенные в лесистой местности, очень часто окруженные болотами, с рыбным населением, представленным измельчавшими окунем, плотвой, налимом, иногда и совсем безрыбные. Такие озера в их современном состоянии не имеют большой рыбохозяиственнои ценности, тем более, что и расположены они обычно в труднодоступных местах.
Надо, однако, заметить, что общая площадь бессточных озер сравнительно невелика. Так, по сводным данным Олонецкого губернского земства („Естественные и экономические условия рыболовного промысла в Олонецкой губернии", 1915), из 2733 учтенных в Олонецкой губернии озер непроточными оказались 870, или 32%, но общая их площадь составила только 4,8% от всей площади учтенных водоемов.
Уменьшение рыбности вследствие зимних заморов, согласно той же сводке, наблюдалось в 9,8% озер, причем главным образом в небольших озерах бывших Каргопольского, Вытегорского и Лодейнопольского уездов, то есть в южной части б. Олонецкой губ., не входящей теперь в состав Карелии.
Озера, соединяющиеся между собой реками, образуют довольно развитую озерно-речную систему. Такие озера являются как бы естественными водохранилищами и влияют на режим уровней рек, создавая естественную зарегулированность стока. Хотя речная сеть в Карелии хорошо развита, больших многоводных рек в Карелии мало, русла их не разработаны. По западному побережью Белого моря наиболее многоводна р. Кемь. Среди рек, впадающих в Онежское озеро, сравнительно многоводны Суна, Шуя, Водла. В северную часть Ладоги в границах республики впадают небольшие реки.
Во многие реки поднимаются из Белого моря и из озер для размножения лососевые и сиговые рыбы.
Годовые амплитуды колебания уровней большинства озер составляют в среднем 0,4—0,6 м. Колебания уровня Ладожского озера вызываются главным образом степенью насыщения водой всего обширного бассейна озер.
Большие изменения в природу ряда карельских озер вносятся постройкой гидротехнических сооружений для разных хозяйственных целей. Повышены уровни Выгозера, озера Сандал, Сегозера, Ондозера и других озер.
